Rtęć jest bardzo toksyczna, może uszkodzić wiele narządów wewnętrznych. Ma też zdolność do kumulowania się w organizmie, co jest szczególnie niebezpieczne w przypadku dzieci, których organy wciąż się rozwijają.
Rtęć dostaje się do organizmu człowieka drogą pokarmową i oddechową oraz przez skórę.
Jest trucizną enzymatyczną i przy stężeniach przekraczających dopuszczalne normy wywołuje uszkodzenia komórek.
Nieorganiczne i organiczne związki rtęci intensywnie akumulowane są w nerkach, wątrobie, a związki metylortęci w układzie nerwowym. Metylortęć łatwo przenika do mózgu i poraża zakończenia nerwów czuciowych.
Inny charakter toksycznego działania obserwuje się w przypadku narażenia na opary rtęci. Zatrucie wówczas następuje poprzez płuca, skąd rtęć łatwo przedostaje się do krwi, a część z niej do mózgu. Jej opary mogą spowodować silne zatrucie, a nawet śmierć.